只不过清军一带出了大海湾，势必就会将队形尽量散开，分散着逃跑，毕竟他们的数量更多，而中华军的舰船数量有限，只有六艘铁甲舰又有航速上面的优势，所以清军势必会有漏网之鱼。

最终的结果也确实如此，从大海湾突围的清军一共有一百零三艘军舰，而中华军的六艘铁甲舰在追击的过程中只是击沉和俘获了七十余艘军舰，不过双方的交战一直从台南打到了金门岛，甚至还追击进去厦门湾，清军沿海一带几乎是毫无海防的状态，岸基炮台都是老式火炮，射程太近，根本就够不着中华军的军舰，所以最后幸免于难的几十艘军舰都是深入到了马港以内，这才得以保全，马港外围有施琅之前修建的炮台，加上中华军毕竟孤军深入，加上这时候已经将对方的主力舰队消灭的干干净净，所以也就没有冒险强行硬攻。

发生在康熙元年的这一次海战，交战双方一共出动了五万多名士兵，以及多达七百余艘战舰，最终中华军凭借着秘密武器火油，加上一些列的布置最终大获全胜，成功的歼灭了清军的舰队，毙伤清军四万五千余人，俘虏了包括三十余艘战船在内的三千清军士兵，最终只有不到五百人逃脱。

清军主将施琅、副将陈莽阵亡，另外两人吴英和汪明则最终得以逃脱，成为为数不多的幸存者。

中华军这边在最终的交战之中只损失了两艘战舰，其中一艘还是触礁沉没的，另外一艘是被清军击沉的，此外受伤的军舰一共有三十六艘，舰员阵亡一百九十六人，受伤三百八十八人。如果算上整个战役的前后所有的损失，那么中华军的损失一共是十三艘军舰，一千零八十四人阵亡，其中台中一役伤亡最为惨重，而清军前后加起来的伤亡总数实际上已经超过了五万人了。

台南海湾内的这场海战结束之后，整个清廷内部大为震动，他们是起于马背上的民族，对于海洋的认识和了解并不深刻，但是在之前中华军的安北舰威胁到天津甚至是北京城的安全之后，他们这才下了严令，要求施琅彻底剿灭这个隐患，但是谁曾想，五万大军竟然没于一役，四五百艘战舰葬生海底，清军自问从来也没有遭受过这样巨大的损失，而且海军还是一个贵族军种，其战舰打建造不仅耗时耗力，而且还要消耗大量的财力，战舰打造完毕之后还要招募船员购置火炮等火器，这又是一笔更大的费用，施琅的这一支舰队前前后后几乎花去了六百万两白银，这个时候全军覆灭，就算是清廷想要再重新组建一支海军起来，这么大的开销显然也是一个新建立且国内局势刚刚安稳下来的帝国不愿意支付的，而且府库内也没有那么多的钱了。

这一场海战将清廷辛辛苦苦花费巨资建立起来的舰队彻底打干净了，使得中华帝国外部的安全环境大为改观，清廷在这之后再也没有能力发动对台湾本土的进攻了，战略相持阶段就要来临了。